Releases
Neueste Releases
- pkpdutils1.2.0
Minor release of pkpdutils which closes the gaps a survey of the other non-compartmental analysis tools found: the parameters and rules the guidances name, acceptance criteria and exclusions, a published validation against Phoenix WinNonlin and PKNCA, the steady state completion, urinary excretion…
- livermetabolism-site0.10.2
A patch release of the König Lab website, https://livermetabolism.com, improving consent handling, snapshot link validation, keyboard navigation, mobile layout, and HTTPS redirects.
- sbmlsim0.7.2
A patch release of the plotting: the axis labels of a figure, an inspection of the figure model and of its matplotlib rendering, and the citation.
- libsbgnpy0.6.2
every change goes into develop through a pull request; the tests, ruff, ty and the documentation build have to pass before a merge is possible · the master branch is renamed to main, which tracks the latest published release and is fast-forwarded to the released commit by the release workflow…
- sbmlutils0.10.2
antimony 3.2.0 is excluded on Windows: its wheel raises OSError: [WinError -529697949] Windows Error 0xe06d7363 in loadAntimonyString when parsing the antimony of the repressilator model, which breaks antimony_to_sbml. Linux and macOS are not affected
- sbml4humans0.2.0
The first release of sbml4humans from its own repository. Until sbmlutils 0.10.0 the application lived in the sbmlutils repository, the backend api was sbmlutils.report.api with version 0.1.2.
- cobrapy0.32.1
fixed import failure when hopsy was not installed
- roadrunnerv2.10.0
Major new capability: variable stoichiometries.
- visfem0.1.0
first working prototype
- tellurium2.2.11.2
Small fix to SED-ML handling of files with paths. SimpleSEDML should now work on Windows.
- cy3sbmlv0.5.0
fixed deprecation issues with HTML escape · release documentation added to repository · Fix ':' in network names · Update OLS to OLS4, #353 (@kyxhik) · fixing url patterns and update http -> https, #353 (@kyxhik) · fix SBO display, #308, via #355 (@kyxhik) · examples updated (PBPK examples added)…
- pkdbv0.9.8
updated code licensing to MIT · removed travis · uv installation · updated postgres to version 18 · python update to py3.9 and pinned versions for stability
Release-Verlauf
Aktivität
Commit-Aktivität
Sterne
- Python
- C++
- HTML
- Java
- JavaScript
- TypeScript
Software
PK-DB
Pharmakokinetik-Datenbank
Entwicklung der ersten FAIR-konformen offenen Datenbank für Pharmakokinetik, die klinische und präklinische Studiendaten integriert. PK-DB ermöglicht reproduzierbare PBPK/PD-Modellierung, unterstützt individualisierte Simulationen und ist zu einer zentralen Infrastruktur für die computergestützte pharmakologische Forschung geworden.
v0.9.8★ 4970 offenvor 10 MonatenPythonMIT
pkpdutils
PK/PD-Analyse in Python
Entwicklung einer Python-Bibliothek für die pharmakokinetische und pharmakodynamische Analyse von Zeitverläufen und Parametern, von nichtkompartimenteller Analyse und Kurvenanpassung bis hin zu Bioäquivalenz und Metaanalyse. Vormals pkdb_analysis, die Analyse-Toolbox von PK-DB.
1.2.0★ 20 offengesternPythonMIT
sbmlutils
Python-Werkzeuge für SBML
Entwicklung einer vielseitigen Python-Bibliothek zur Vereinfachung der Nutzung von SBML-Modellen, mit robusten Werkzeugen für Modellverarbeitung, -analyse und die Integration mit libSBML. Weit verbreitet in reproduzierbaren Modellierungsworkflows der Systembiologie.
0.10.2★ 4113 offenvor 1 WocheHTMLMIT
SBML4Humans
SBML-Simulation leicht gemacht
Entwicklung eines interaktiven Reporting-Frameworks, das SBML-Modelle menschenlesbar und zugänglich macht und es Expertinnen und Experten sowie Einsteigerinnen und Einsteigern ermöglicht, Modellinhalte ohne technische Hürden zu erkunden.
0.2.0★ 013 offengesternVue
cysbml
Cytoscape-3-App für die Systems Biology Markup Language
Entwicklung und Pflege einer weit verbreiteten Cytoscape-App zur Visualisierung von SBML-Modellen im Netzwerkkontext. cy3sbml ermöglicht die intuitive Erkundung komplexer Modelle in Systembiologie und Bioinformatik.
v0.5.0★ 1515 offenvor 7 MonatenJava
roadrunner
Hochleistungssimulator für SBML
Mitwirkung an der Entwicklung von libRoadRunner, einer C/C++-Bibliothek, die LLVM für die ultraschnelle Simulation von SBML-Modellen nutzt und einen Maßstab für die Leistungsfähigkeit in der computergestützten Biologie setzt.
v2.10.0★ 6281 offenvor 2 WochenC++
COBRApy
COBRA-Python-Paket
Weiterentwicklung von COBRApy, dem führenden Python-Paket für constraint-basierte Rekonstruktion und Analyse, das breite Anwendung in der genomweiten Stoffwechselmodellierung findet. Bietet Zugang zu zentralen Methoden wie Flussbilanzanalyse und Flussvariabilitätsanalyse.
0.32.1★ 58797 offenvor 2 TagenPythonGPL-2.0
tellurium
Simulationsbibliothek für Systembiologie
Mitentwicklung von Tellurium, einer Python-basierten Umgebung für die reproduzierbare dynamische Modellierung biologischer Netzwerke. Integration von Standardformaten mit leistungsstarken Simulationsbibliotheken für eine zugängliche und transparente Modellierung.
2.2.11.2★ 145133 offenvor 3 WochenPythonApache-2.0
VisFEM
Web-Visualisierung von FEM-Modellen
Ein browserbasiertes Visualisierungswerkzeug für Simulationsergebnisse der Finite-Elemente-Methode (FEM), das FEM-basierte digitale Zwillinge interaktiv erkundbar und direkt aus dem Web heraus teilbar macht, um die Hürde für reproduzierbare computergestützte Modellierung zu senken.
0.1.0★ 10 offenvor 2 WochenPythonMIT
livermetabolism.com
Quellcode dieser Website
Der vollständige Quellcode dieser Website, bei der alle Forschungsdaten (Publikationen, Personen, Projekte, Software, Lehre) als offene YAML-Tabellen gepflegt und zu einer statischen Website gebaut werden.
0.10.2★ 21 offengesternTypeScript
Daten von GitHub, aktualisiert .
Förderung
X-Student Research Group - Digital Twins in Action: Optimierung der Anwendung direkter oraler Antikoagulanzien
BMFTR, Empfängerin oder Empfänger, 10/2025–04/2026
Projektbasierte Lehrinitiative zu digitalen Zwillingen in der Medizin mit Fokus auf physiologiebasierter pharmakokinetischer (PBPK) Modellierung zur Optimierung der Anwendung direkter oraler Antikoagulanzien.
SPP2311 - Anschubfinanzierung - SPP-FEMVis: Open Science durch webbasierte FEM-Visualisierung voranbringen
DFG, Empfängerin oder Empfänger, 10/2025–09/2026
Anschubfinanzierung zur Entwicklung einer Open-Science-Plattform für die interaktive, webbasierte Visualisierung von Simulationen der Finite-Elemente-Methode (FEM).
AlgoNomy - Algorithmische Regulierung vor medizinischer Haftung - Stärkung der Autonomie von Ärztinnen und Ärzten sowie Patientinnen und Patienten im KI-gestützten Gesundheitswesen
Circle U., Mitantragstellerin oder Mitantragsteller, 2024–2025
Aufbau eines internationalen akademischen Netzwerks zur Untersuchung der Rolle von Algorithmen und KI in medizinischen Entscheidungsunterstützungssystemen, mit Fokus auf rechtliche und ethische Aspekte sowie Implikationen für die Autonomie von Patientinnen und Patienten.
SPP2311 - SimLivA - SIMulation supported LIVer Assessment for donor organs
DFG, Empfängerin oder Empfänger, 10/2025–09/2027
Entwicklung computergestützter Modelle und Simulationsworkflows zur Beurteilung der Leberfunktion von Spenderorganen, zur Weiterentwicklung prädiktiver Werkzeuge für die Transplantation und zur Verbesserung der klinischen Entscheidungsfindung.
X-Student Research Group - Physiologiebasierte digitale Zwillinge für die Behandlung von Bluthochdruck mit ACE-Hemmern und Diuretika
BMFTR, Empfängerin oder Empfänger, 04/2023–09/2023
Projektbasierte Lehrinitiative zu digitalen Zwillingen in der Pharmakologie mit Fokus auf physiologiebasierter pharmakokinetischer (PBPK) Modellierung zur Optimierung der Bluthochdrucktherapie mit ACE-Hemmern und Diuretika.
ATLAS - AI and Simulation for Tumor Liver ASsessment
BMFTR, Empfängerin oder Empfänger, 03/2023–12/2026
Entwicklung KI-gestützter und simulationsbasierter Methoden zur Verbesserung der Beurteilung von Lebertumoren, durch Integration computergestützter Modellierung mit klinischen Daten zur Unterstützung einer personalisierten Diagnose und Therapieplanung.
X-Student Research Group - Physiologiebasierte Modellierung von Arzneimitteln: ACE-Hemmer in der Behandlung von Bluthochdruck
BMFTR, Empfängerin oder Empfänger, 10/2022–03/2023
Projektbasierte Lehrinitiative zur physiologiebasierten pharmakokinetischen (PBPK) Modellierung mit Fokus auf der Optimierung der Anwendung von ACE-Hemmern in der Bluthochdrucktherapie.
FOR5151 - QuaLiPerF - Quantifying Liver Perfusion-Function Relationship in Complex Resection – A Systems Medicine Approach
DFG, Empfängerin oder Empfänger, 07/2021–11/2025
Weiterentwicklung der Systemmedizin durch die Entwicklung computergestützter Modelle zur Quantifizierung des Zusammenhangs zwischen Leberperfusion und -funktion bei komplexen chirurgischen Resektionen, zur Unterstützung der Risikobewertung und personalisierten Therapieplanung.
SPP2311 - SimLivA - SIMulation supported LIVer Assessment for donor organs
DFG, Mitantragstellerin oder Mitantragsteller, 01/2020–12/2023
Kollaboratives Projekt zur Entwicklung von Simulationsansätzen zur Beurteilung der Spenderleberfunktion mit dem Ziel, die Transplantationsergebnisse durch prädiktive computergestützte Modellierung zu verbessern.
EOSC-Life - Reproduzierbare Simulationsstudien zu COVID-19
EOSC-life, Empfängerin oder Empfänger, 06/2020–05/2021
Entwicklung reproduzierbarer computergestützter Simulationsstudien zur Untersuchung der COVID-19-Dynamik, unter Einbindung standardisierter Workflows und Open-Science-Praktiken für eine schnelle und transparente Verbreitung der Forschungsergebnisse.
LiSyM - Systems Medicine of the Liver - Nachwuchsgruppenleiter - Multiskalenmodelle für die personalisierte Bewertung der Leberfunktion
BMFTR, Empfängerin oder Empfänger, 06/2016–05/2022
Leitung einer Nachwuchsforschungsgruppe zur Entwicklung von Multiskalenmodellen zur Bewertung und Vorhersage der Leberfunktion, zur Weiterentwicklung personalisierter Medizinansätze und translationaler Anwendungen in der Hepatologie.
Diese Arbeit wurde gefördert durch die vom BMFTR finanzierte de.NBI Cloud im Rahmen des Deutschen Netzwerks für Bioinformatik-Infrastruktur (de.NBI) (031A537B, 031A533A, 031A538A, 031A533B, 031A535A, 031A537C, 031A534A, 031A532B).
Herausgeber
Wir engagieren uns aktiv für Standardisierung und Reproduzierbarkeit in der Systembiologie und Systemmedizin.
