PK-DB

Pharmakokinetik-Datenbank
Entwicklung der ersten FAIR-konformen offenen Datenbank für Pharmakokinetik, die klinische und präklinische Studiendaten integriert. PK-DB ermöglicht reproduzierbare PBPK/PD-Modellierung, unterstützt individualisierte Simulationen und ist zu einer zentralen Infrastruktur für die computergestützte pharmakologische Forschung geworden.

v0.12.19★ 5317 offenheutePythonMIT

pkpdutils

PK/PD-Analyse in Python
Entwicklung einer Python-Bibliothek für die pharmakokinetische und pharmakodynamische Analyse von Zeitverläufen und Parametern, von nichtkompartimenteller Analyse und Kurvenanpassung bis hin zu Bioäquivalenz und Metaanalyse. Vormals pkdb_analysis, die Analyse-Toolbox von PK-DB.

1.4.0★ 62 offengesternPythonMIT

pkpdbib

PK/PD-Literatur in Python
Entwicklung einer Python-Bibliothek für die Arbeit mit pharmakokinetischer und pharmakodynamischer (PK/PD) Literatur und Bibliographien, vom Abruf der PDFs eines Zotero-Exports bis zum programmatischen Zugriff auf Zotero-Bibliotheken. Unterstützt die Literaturkuratierung von PK-DB und der darauf aufbauenden PK/PD-Modelle.

0.2.3★ 11 offengesternPythonMIT

sbmlutils

Python-Werkzeuge für SBML
Entwicklung einer vielseitigen Python-Bibliothek zur Vereinfachung der Nutzung von SBML-Modellen, mit robusten Werkzeugen für Modellverarbeitung, -analyse und die Integration mit libSBML. Weit verbreitet in reproduzierbaren Modellierungsworkflows der Systembiologie.

0.17.1★ 434 offengesternHTMLMIT

SBML4Humans

SBML-Simulation leicht gemacht
Entwicklung eines interaktiven Reporting-Frameworks, das SBML-Modelle menschenlesbar und zugänglich macht und es Expertinnen und Experten sowie Einsteigerinnen und Einsteigern ermöglicht, Modellinhalte ohne technische Hürden zu erkunden.

0.12.2★ 213 offenvor 3 WochenPythonMIT

sbmlsim

SBML-Simulation leicht gemacht
Entwicklung eines schlanken Python-Pakets, das Simulationen von SBML-Modellen auf Basis von libRoadRunner vereinfacht und die Einstiegshürde für Modelltests und Lehre senkt.

0.15.0★ 1310 offenheutePythonMIT

sbml2cellml

Konvertierung zwischen SBML und CellML
Entwicklung eines bidirektionalen Konverters zwischen SBML und CellML 2.0, bei dem jede Konvertierung mit libcellml validiert und per Simulation gegen die SBML test suite sowie die kuratierten BioModels geprüft wird. Modelle lassen sich so zwischen den beiden wichtigsten Standards zur Modellbeschreibung austauschen, statt an einen davon gebunden zu sein.

0.4.3★ 21 offengesternPythonMIT

sbmlode

Gewöhnliche Differentialgleichungen von SBML-Modellen
Entwicklung eines Python-Pakets, das das System gewöhnlicher Differentialgleichungen eines SBML-Modells aus dessen Reaktionen, Regeln, Ereignissen und Einheiten ableitet und es als Simulationscode für Python, Julia und R ausgibt, geprüft gegen libRoadRunner anhand der SBML test suite, oder als Typst-, LaTeX- und Markdown-Dokumente der Gleichungen. Der ODE-Export von sbmlutils als eigenständiges Paket.

0.3.1★ 20 offengesternPythonMIT

cysbml

Cytoscape-3-App für die Systems Biology Markup Language
Entwicklung und Pflege einer weit verbreiteten Cytoscape-App zur Visualisierung von SBML-Modellen im Netzwerkkontext. cy3sbml ermöglicht die intuitive Erkundung komplexer Modelle in Systembiologie und Bioinformatik.

v0.9.1★ 160 offengesternJava

brendapy

BRENDA in Python
Entwicklung eines Python-Pakets mit direktem programmatischem Zugriff auf BRENDA-Enzyminformationen, das eine automatisierte Enzymanalyse im großen Maßstab und die Integration in computergestützte Pipelines ermöglicht.

0.5.0★ 2312 offenvor 4 JahrenPythonLGPL-3.0

libsbgnpy

Python-Bibliothek für SBGN
Entwicklung einer Python-Bibliothek für die Arbeit mit der Systems Biology Graphical Notation (SBGN), die eine standardisierte Visualisierung und Integration von Pathway-Informationen unterstützt.

0.7.2★ 121 offenheuteJavaScriptMIT

roadrunner

Hochleistungssimulator für SBML
Mitwirkung an der Entwicklung von libRoadRunner, einer C/C++-Bibliothek, die LLVM für die ultraschnelle Simulation von SBML-Modellen nutzt und einen Maßstab für die Leistungsfähigkeit in der computergestützten Biologie setzt.

v2.11.0★ 6467 offenvor 2 TagenC++

COBRApy

COBRA-Python-Paket
Weiterentwicklung von COBRApy, dem führenden Python-Paket für constraint-basierte Rekonstruktion und Analyse, das breite Anwendung in der genomweiten Stoffwechselmodellierung findet. Bietet Zugang zu zentralen Methoden wie Flussbilanzanalyse und Flussvariabilitätsanalyse.

0.32.1★ 595101 offenvor 3 WochenPythonGPL-2.0

tellurium

Simulationsbibliothek für Systembiologie
Mitentwicklung von Tellurium, einer Python-basierten Umgebung für die reproduzierbare dynamische Modellierung biologischer Netzwerke. Integration von Standardformaten mit leistungsstarken Simulationsbibliotheken für eine zugängliche und transparente Modellierung.

2.2.11.2★ 148135 offenvor 2 MonatenPythonApache-2.0

VisFEM

Web-Visualisierung von FEM-Modellen
Ein browserbasiertes Visualisierungswerkzeug für Simulationsergebnisse der Finite-Elemente-Methode (FEM), das FEM-basierte digitale Zwillinge interaktiv erkundbar und direkt aus dem Web heraus teilbar macht, um die Hürde für reproduzierbare computergestützte Modellierung zu senken.

0.2.0★ 21 offenvor 6 TagenPythonMIT

livermetabolism.com

Quellcode dieser Website
Der vollständige Quellcode dieser Website, bei der alle Forschungsdaten (Publikationen, Personen, Projekte, Software, Lehre) als offene YAML-Tabellen gepflegt und zu einer statischen Website gebaut werden.

0.12.7★ 52 offenheuteTypeScript

AI-Ready PK-DB: From Pharmacokinetic Data to Executable PBPK Models with Claude

Anthropic, Empfängerin oder Empfänger, 09/2026–03/2027
50.000 $
Entwicklung eines MCP-Servers, mit dem KI-Agenten die pharmakokinetische Datenbank PK-DB von der Studie über das Konzentrations-Zeit-Profil bis hin zu einem ausführbaren PBPK-Modell durchlaufen können. So wird die Datenbank für Agenten weit über unsere eigene Gruppe hinaus nutzbar. Vergeben als Nutzungsguthaben für Claude.

X-Student Research Group - Digital Twins in Action: Optimierung der Anwendung direkter oraler Antikoagulanzien

BMFTR, Empfängerin oder Empfänger, 10/2025–04/2026
1.500 €
Projektbasierte Lehrinitiative zu digitalen Zwillingen in der Medizin mit Fokus auf physiologiebasierter pharmakokinetischer (PBPK) Modellierung zur Optimierung der Anwendung direkter oraler Antikoagulanzien.

SPP2311 - Anschubfinanzierung - SPP-FEMVis: Open Science durch webbasierte FEM-Visualisierung voranbringen

DFG, Empfängerin oder Empfänger, 10/2025–09/2026
15.000 €
Anschubfinanzierung zur Entwicklung einer Open-Science-Plattform für die interaktive, webbasierte Visualisierung von Simulationen der Finite-Elemente-Methode (FEM).

AlgoNomy - Algorithmische Regulierung vor medizinischer Haftung - Stärkung der Autonomie von Ärztinnen und Ärzten sowie Patientinnen und Patienten im KI-gestützten Gesundheitswesen

Circle U., Mitantragstellerin oder Mitantragsteller, 2024–2025
10.000 €
Aufbau eines internationalen akademischen Netzwerks zur Untersuchung der Rolle von Algorithmen und KI in medizinischen Entscheidungsunterstützungssystemen, mit Fokus auf rechtliche und ethische Aspekte sowie Implikationen für die Autonomie von Patientinnen und Patienten.

Open Science Ambassador

BMFTR, Empfängerin oder Empfänger, 01/2024–06/2026
4.000 €
Unterstützung der Förderung und Umsetzung von Open-Science-Praktiken in den Forschungsgemeinschaften der Berliner Universitäten, mit Fokus auf Reproduzierbarkeit, FAIR-Daten und die Förderung des kollaborativen Austauschs.

SPP2311 - SimLivA - SIMulation supported LIVer Assessment for donor organs

DFG, Empfängerin oder Empfänger, 10/2025–09/2027
895.500 € (Anteil der Gruppe: 219.000 €)
Entwicklung computergestützter Modelle und Simulationsworkflows zur Beurteilung der Leberfunktion von Spenderorganen, zur Weiterentwicklung prädiktiver Werkzeuge für die Transplantation und zur Verbesserung der klinischen Entscheidungsfindung.

X-Student Research Group - Physiologiebasierte digitale Zwillinge für die Behandlung von Bluthochdruck mit ACE-Hemmern und Diuretika

BMFTR, Empfängerin oder Empfänger, 04/2023–09/2023
1.500 €
Projektbasierte Lehrinitiative zu digitalen Zwillingen in der Pharmakologie mit Fokus auf physiologiebasierter pharmakokinetischer (PBPK) Modellierung zur Optimierung der Bluthochdrucktherapie mit ACE-Hemmern und Diuretika.

ATLAS - AI and Simulation for Tumor Liver ASsessment

BMFTR, Empfängerin oder Empfänger, 03/2023–12/2026
1.530.550 € (Anteil der Gruppe: 311.000 €)
Entwicklung KI-gestützter und simulationsbasierter Methoden zur Verbesserung der Beurteilung von Lebertumoren, durch Integration computergestützter Modellierung mit klinischen Daten zur Unterstützung einer personalisierten Diagnose und Therapieplanung.

X-Student Research Group - Physiologiebasierte Modellierung von Arzneimitteln: ACE-Hemmer in der Behandlung von Bluthochdruck

BMFTR, Empfängerin oder Empfänger, 10/2022–03/2023
1.500 €
Projektbasierte Lehrinitiative zur physiologiebasierten pharmakokinetischen (PBPK) Modellierung mit Fokus auf der Optimierung der Anwendung von ACE-Hemmern in der Bluthochdrucktherapie.

FOR5151 - QuaLiPerF - Quantifying Liver Perfusion-Function Relationship in Complex Resection – A Systems Medicine Approach

DFG, Empfängerin oder Empfänger, 07/2021–11/2025
3.825.000 € (Anteil der Gruppe: 425.000 €)
Weiterentwicklung der Systemmedizin durch die Entwicklung computergestützter Modelle zur Quantifizierung des Zusammenhangs zwischen Leberperfusion und -funktion bei komplexen chirurgischen Resektionen, zur Unterstützung der Risikobewertung und personalisierten Therapieplanung.

SPP2311 - SimLivA - SIMulation supported LIVer Assessment for donor organs

DFG, Mitantragstellerin oder Mitantragsteller, 01/2020–12/2023
658.942 €
Kollaboratives Projekt zur Entwicklung von Simulationsansätzen zur Beurteilung der Spenderleberfunktion mit dem Ziel, die Transplantationsergebnisse durch prädiktive computergestützte Modellierung zu verbessern.

EOSC-Life - Reproduzierbare Simulationsstudien zu COVID-19

EOSC-life, Empfängerin oder Empfänger, 06/2020–05/2021
25.000 € (Anteil der Gruppe: 5.000 €)
Entwicklung reproduzierbarer computergestützter Simulationsstudien zur Untersuchung der COVID-19-Dynamik, unter Einbindung standardisierter Workflows und Open-Science-Praktiken für eine schnelle und transparente Verbreitung der Forschungsergebnisse.

LiSyM - Systems Medicine of the Liver - Nachwuchsgruppenleiter - Multiskalenmodelle für die personalisierte Bewertung der Leberfunktion

BMFTR, Empfängerin oder Empfänger, 06/2016–05/2022
723.000 €
Leitung einer Nachwuchsforschungsgruppe zur Entwicklung von Multiskalenmodellen zur Bewertung und Vorhersage der Leberfunktion, zur Weiterentwicklung personalisierter Medizinansätze und translationaler Anwendungen in der Hepatologie.

COMBINE-Koordinator

2020-2025
Das COmputational Modeling in BIology NEtwork (COMBINE) ist eine Initiative zur Koordinierung der Entwicklung der verschiedenen Community-Standards und -Formate für computergestützte Modelle.

PETab-Editor

2023-2026
PEtab ist ein Datenformat zur Spezifikation von Parameterschätzproblemen in der Systembiologie.

SBML-Editor

2018-2023; 2025-2027
Die Systems Biology Markup Language (SBML) ist ein Software-Datenformat zur Beschreibung von Modellen in der Biologie.

SED-ML-Editor

2017-2022; 2024-2026
Die Simulation Experiment Description Markup Language (SED-ML) ist ein Format zur Kodierung von Simulationsaufbauten, um die Austauschbarkeit und Reproduzierbarkeit von Simulationsexperimenten sicherzustellen.